云南农业大学水利水电与建筑学院前身即水利工程系，创办于1965年，当时由水利电力部抽调华东水利学院(现河海大学)、武汉水利电力学院(现武汉大学)、东北电力学院、北京水利水电学院等部属院校的一批教师组建而成，是我省第一个水利水电高等教育系科。随着我国高等教育的改革和发展，结合我省实际，在原工程学院水利与土木工程系的基础上，成立了水利水电与建筑学院。 云南农业大学水利系1965年设立水利水电工程建筑专业本科，并于当年招收学生60名，开创了云南省水利高等教育的先河。1988年设立水利水电工程建筑专业专科，1989年设立农业建筑环境与能源工程专业专科，同时1996年设立农业建筑环境与能源工程专业本科，各专业都于设立的当年开始招生。1998年经国务院学位委员会批准设立农业水土工程硕士点，招收水工建筑、区域水资源开发利用和水资源技术经济三个方向的硕士研究生。2001年设立农业水利工程、资源环境与城乡规划管理两个本科专业，建筑装饰一个专科专业并招生，2003年设立水土保持与荒漠化治理专业本科，2004年设立土木工程专业本科，同时开始招生。目前,学院设有水利水电工程、农业水利工程、农业建筑环境与能源工程、资源环境与城乡规划管理、水土保持与荒漠化防治、土木工程六个本科专业;建筑装饰专科专业;水利水电工程函授本、专科专业。 学院现有专职教师61人;下设一个公司，即云南凌禹水利水电勘测设计有限公司;两个设计所，即水利水电设计研究所和城乡规划与建筑设计研究所;六大实验体系，即水利实验中心、岩土与材料实验室、测量实验室、电工与电子学实验室、地理信息系统与遥感实验室及云南农业大学水资源与节水灌溉重点试验室。学院拥有水利部"水利行业定点培训机构"资质、水利水电工程勘测设计丙级资质，由省水利厅主管的云南省灌溉试验中心站挂靠在我院。
园林园艺学院园林园艺学院前身是云南大学农学院园艺系，始建于1950年，1973年云南农业大学成立茶桑果系，1979年更名为园艺系，1994年学校院系调整并入农学院，2001年5月成立园林园艺学院。园艺学科是省级重点扶持学科和校级重点学科，园艺专业为教育部特色专业加以建设。学院教学科研仪器设备总值超过300万元。实验室设备基本齐全，功能开放。实验农场占地70余亩，温室和塑料大棚16栋。种植有果树、蔬菜、花卉优良品种资源1600余份。 学院设有园艺系、园林系、花卉研究所、蔬菜研究室和果树研究室。现有教职工58人(专任教师48人)。其中教授7人，副教授25人(含高级实验师、高级政工师)，教师中具有博士学位11人、硕士学位19人(含研究生班毕业)，在读博士6人。博士生导师1人，硕士生导师22人，其中，副高职及以上职称教师32人，占专任教师数66.7%,具有硕士以上学位的教师30人，占专任教师数数的62.5%。教师中有云南省突出贡献专家2人，云南省中青年学术技术后备人才2人，校级师德标兵1人。随着学科专业的发展和建设，我院有着一支综合素质好、学术水平高、实力较雄厚的教师队伍。 学院具有培养多层次人才的能力，拥有果树学、园林植物与观赏园艺、蔬菜学三个硕士学位授权点;农业推广硕士园艺领域专业学位授权点;园林、园艺、蚕学三个本科专业和现代园艺技术(园艺荷兰班)专科专业;园林、园艺两个成人教育专业。全日制在校硕士研究生83人，园艺领域农业推广硕士研究生24人，本专科学生1119人;函授本、专科学生369人。 园艺学科是省级重点扶持学科和校级重点学科，园艺专业为教育部特色专业加以建设。学院教学科研仪器设备总值超过300万元。实验室设备基本齐全，功能开放。实验农场占地70余亩，温室和塑料大棚16栋。种植有果树、蔬菜、花卉优良品种资源1600余份。