上海社会科学院法学研究所成立于1958年，原名中国科学院上海政法研究所，1978年改现名。现任所长叶青研究员。 该所下设宪法研究室、民法研究室、刑法研究室、国际法研究室、诉讼法研究室、比较法研究室、编译室、生命法学研究中心、刑事法研究中心、金融法研究中心、并购法研究中心、《政治与法律》编辑部、《证券市场研究》杂志社以及行政办公室。 目前法学所职工45人，具有高级专业技术职称的17人，其中正高级11人；具有海内外博士学位13人，在读博士5人。 该所主要研究法学及其分支学科的基本理论，探求中国社会主义法治的内涵及其发展规律，重点是国家法制建设和社会主义市场经济条件下立法、司法的重大理论和实践问题。在从事基础理论研究的同时，做好应用研究，特别注重开展全局性、战略性、前瞻性对策研究，为党和政府服务，为社会服务。立足上海、服务全国、面向世界。实行个人研究和团队研究相结合，支持跨学科研究。“经济刑法”为该所重点学科，“租界·租借地特殊地区研究”为该所特色学科。 该所拥有法学基础理论专业、宪法专业、刑法专业、民商法专业、国际经济法专业共5个硕士研究生授予点，和山东大学共有法理学博士点；和华东政法学院共有刑法学博士点。 “六五”规划至“十五”规划期间，该所承担国家级、市级课题项目计22项。2006年该所承接国家项目两项，分别是“少年刑事政策与少年司法制度改革”、“生命科技犯罪及现代刑事责任理论与制度研究”。上海市项目五项，分别是“完善政府重大经济社会事务决策程序研究”、“人民内部矛盾在上海的突出表现和政府的措施”、“上海市民安全感动态研究”、“资源节约与环境友好型社会法制体系建设”、“东海划界、资源开发争端及相关理论与对策研究”。其他市级单位项目近10项；区县政府委托项目以及企业委托项目近10项。先后有两位青年科研人员获得上海市浦江人才计划项目。2006年出版专著16部，论文、文章近百篇，向政府、企业提供调研报告7份，向国家和地方立法机关提交议案6件。主办国际国内研讨会5次。研究所重视与国外法学界的学术交流与合作。2006年共有17人次出访讲学、进修、项目交流，同时邀请、接待国外学者专家来所访问交流。 历年来，该所先后获得21项上海市哲学社会科学优秀成果奖、8项上海市政府决策咨询奖和邓小平理论研究奖、4项国家图书奖、1项国家科技进步一等奖，其他各方面评定的优秀论文、优秀研究报告、优秀著作奖近百项。
应用经济研究所上海社会科学院应用经济研究所是以决策咨询研究为主导，以应用经济学学科建设为支撑的智库型研究机构。原名“部门经济研究所”，其前身是成立于1956年的中国科学院上海经济研究所，1978年上海社科院复院后，在原经济研究所的基础上分设经济研究所、部门经济研究所和世界经济研究所，其中部门经济所主要从事工业经济、农业经济和贸易经济等研究。 “部门经济研究所”成立以来，紧紧围绕上海改革开放进程，在重大经济发展战略和政策研究中发挥了重要作用，从改革开放初期牵头组织编制上海第一个经济发展战略（1986年的国家六五重点项目）、经国务院批准的上海经济发展战略研讨会纪要（1987），到20世纪90年代上海产业结构调整升级、上海浦东开发开放、面向21世纪的上海开放战略、上海四个中心建设战略研究，以及近年来的上海建设具有国际影响力的科技创新中心、上海自贸区建设等战略研究中，“部门经济研究所”完成了一系列具有开创意义和重要价值的研究成果。 2016年，在上海社会科学院入选首批国家高端智库试点单位的背景下，经上海市委批准，“部门经济研究所”正式更名为上海社会科学院应用经济研究所，根据上海社会科学院端智库建设目标，应用经济研究所立足决策咨询研究特色优势，强化产业经济学等为重点的应用经济学学科支撑，进一步确立了学科支撑型智库的目标导向，聚焦中国和上海发展转型中的重大问题，充分发挥高端智库的研究支撑作用，不断提升在决策咨询研究中的影响力。 应用经济研究所设有应用经济学博士后流动站，现有产业经济学二级学科博士学位授予点，应用经济学一级学科硕士学位授予点，下设应用经济学二级学科硕士学位授予点9个（包括产业经济学、国民经济学、区域经济学、数量经济学、国际贸易、金融学、财政学、劳动经济学、城市与房地产经济学）；管理学二级学科硕士学位授予点3个（包括企业管理、旅游经济管理、农业经济管理）。 应用经济研究所现设产业经济研究室、区域经济与城乡发展研究室、服务经济及旅游经济研究室、创新经济研究室、财政金融研究室、城市与房地产经济研究室、文化创意产业研究室以及《上海经济》编辑部。现有在职人员53人，其中研究员12人、副研究员22人。